临床上早期识别与诊断抗生素相关性腹泻（AAD）是预防和治疗的关键。在应用抗生素期间要细心观察其不良反应，往往不难早期发现AAD.如果在近期或正在接受抗生素治疗以及治疗结束后2个月内发生腹泻，其大便为水样、糊样，每天≥3次，连续2d以上，均应考虑发生AAD的可能。若伴有腹痛、发热、白细胞计数高，则应警惕伪膜性肠炎的可能，确诊有赖于病因学和组织学的进一步检查。
对于严重和持续的AAD病例，关键在于识别难辨梭状芽孢杆菌感染，确诊需在粪便中检测到难辨梭状芽孢杆菌及其肠毒素A和（或）细胞毒素B。组织培养法是诊断的金标准。酶联免疫测定法检测肠毒素A或B的特异性好，但假阴性率为10%-20%，因此对测定结果要加以分析，综合评价。
防治措施主要是合理使用抗生素，用药要有明确指征（适应证），同时进行严格的、科学的指导与管理。临床上必须使用抗生素时，首先要选用窄谱抗生素，慎用广谱抗生素。一旦发生伪膜性肠炎，要立即停用原来的抗生素，然后根据致病菌种类的不同，通过药敏试验选择用药。对于轻、中度AAD的常规治疗包括补液，停用抗生素，或更换导致相关性腹泻危险性较低的抗生素，一般在停用抗生素3d后临床症状缓解，需要注意22%腹泻患者与难辨梭状芽孢杆菌有关。
治疗难辨梭状芽孢杆菌相关性腹泻可选用口服甲硝唑250mg，每日4次，或口服万古霉素125mg，每日4次，10d.并加强隔离措施，防止院内感染。甲硝唑和万古霉素的疗效相似（>90%），腹泻通常在2-3d内缓解。为防止出现万古霉素耐药菌株，美国感染病学会、美国胃肠病学院和美国临床流行病学会推荐首选甲硝唑治疗，以防止突然出现万古霉素耐药菌。
应避免使用解痉药，因为有使毒素滞留肠腔的危险。大约20%的难辨梭状芽孢杆菌相关性腹泻会复发。大多数患者再次使用甲硝唑或万古霉素治疗仍有效，5%的患者会有几次复发，因此对这些患者的治疗有待进一步研究。
由于AAD通常是肠道正常菌群失调的结果，治疗在于选择性应用微生态制剂等以恢复正常菌群。例如，嗜酸乳酸杆菌、干酪乳酸杆菌、保加利亚乳酸杆菌、双歧杆菌、长双歧杆菌、粪肠球菌、嗜热链球菌和Boulardii酵母菌等。多种微生态制剂现已用于AAD的治疗和预防，多数研究评估了微生态制剂对AAD的预防作用。
